Champlay a bénéficié des terres alluvionnaires de l'Yonne.
Les recherches archéologiques ont permis de dégager des objets conservés au musée de Saint-Germain-en-Laye.
A l'époque médiévale, le village a eu une position intéressante entre l'évêché d'Auxerre et l'archevêché de Sens.
L'église gothique Saint-Martin a été commencée au 12e siècle. Le village se développe grâce à l'agriculture et la vigne (encore un vigneron installé aujourd'hui).
La seigneurie, devenue marquisat au 17e siècle, a été offerte par Louis XIV à Louis-Jules Bolé, cartographe réputé.
La ferme du château d'architecture typique du 17e siècle, et ses jardins sont restaurés par l'association "Le colombier vert".
L'étang du Pâtis au hameau du Grand Longueron est un lieu de promenade, de détente, jeux, pêche...