Située au cœur du département de l’Yonne, la Communauté de Communes du Jovinien regroupait 7 communes jusqu'au 31 décembre 2011 : Joigny, bien sûr, et 6 villages alentour Béon, Bussy-en-Othe, Champlay, Looze, Saint-Aubin-sur-Yonne et Villecien.
Le 1er janvier 2012, 5 nouvelles communes ont adhéré à leur tour à notre collectivité territoriale. Il s'agit de Brion, La Celle Saint-Cyr, Cézy, Chamvres et Paroy-sur-Tholon.
Le 1er janvier 2013, 6 nouvelles communes Saint-Martin d'Ordon, Saint-Romain Le Preux, Verlin, Sépeaux, Cudot et Précy-sur-Vrin viennent compléter le territoire.
Depuis le 1er janvier 2014, 3 communes finalisent le territoire par leur entrée à la CCJ Saint-Julien du Sault, Saint Loup d'Ordon et Villevallier.
Fort de cet essor, notre entité territoriale regroupe alors 21 communes et 23 068 habitants au 1er janvier 2014.
Au 1er janvier 2015, la commune de Saint-Loup d'Ordon a quitté la CCJ pour se rattacher à la Communauté de communes du Betz et de La Cléry, plus proche géographiquement.
La CCJ compte au 1er janvier 2015, 20 communes et 22 836 habitants.
Au 1er Janvier 2016, création d'une commune nouvelle Sépeaux - Saint Romain.
La CCJ compte 19 communes et 22 836 habitants.